Jostein har nylig avsluttet sitt virke som universitetslektor ved Universitetet i Bergen, UiB, der han har drevet banebrytende arbeid ved masterutdanningen i manuellterapi. Han har vært med å utvikle faget fra et erfaringsbasert profesjonsutdanningsfag til evidensbasert masterutdanning. Gjennom sitt arbeid ved UiB har han deltatt i utvikling av fagplaner og undervisningsopplegg, samt undervist, inspirert og kjempet for faglige rettigheter. Han har systematisert teoretisk bakgrunn for manipulasjonsbehandling og undervist studentene i klinisk resonnement.

Jostein Ellingsen har i en årrekke undervist på kurs og seminarer rundt omkring i hele landet, og han ble kåret til «Årets manuellterapeut» i 2009.